Fuentecén provine del latín «fuente» y «cen». Cen es diminutivo de centum que significa «cien, muchos y muchas». Siendo así, Fuentecén alude a las muchas fuentes que manan en su término.

Según las referencias más fiables, los orígenes de Fuentecén deben remontarse al siglo X, durante la repoblación del valle del Duero tras la reconquista.

Su Iglesia parroquial, fechada entre los siglos XV y XVII, ha sufrido muchas transformaciones a lo largo del tiempo, siendo su última modificación en 1962 siguiendo los planos de un monje del Monasterio de Valbuena de Duero. El retablo de Santa Catalina, de finales del siglo XVI (fechada en 1599) muestra una inscripción según la cual, un caballero de apellido Ordóñez y su mujer lo donan. La iglesia cuenta también con una bella pila bautismal, así como cuadros, esculturas, imágenes policromadas atribuidas a Juan de Juni, ornamentos litúrgicos como el Cristo del Carmelo y orfebrería con un gran valor artístico. Es de destacar también el órgano, una pieza de gran interés ornamental y musicológico. Lamentablemente, este órgano ha sido semidesguazado: carece de teclado y los tubos se encuentran en mal estado, faltando algunos de ellos. Conserva parte de los mecanismos internos y del fuelle.

Con menor entidad, encontramos también en Fuentecén la ermita de la Concepción. Además, por este municipio discurre el Sendero de las fortificaciones.

En esta localidad hallaremos algunos ejemplares de casas solariegas de sillería y blasonadas, muchas de ellas del siglo XVIII que tienen un doble origen: algunas pertenecieron a familias de la baja nobleza de mayor o menor alcurnia, y otras eran los domicilios de diferentes capellanes de la propia parroquia de Fuentecén.

San Mamés y Santa Ana son los protagonistas de las fiestas de Fuentecén en agosto, celebrando también en abril el Santo Cristo del Carmelo.

Gentilicio de Fuentecén: fontecenenses.